Tomáš entra a far parte della prima squadra del Sigma Olomuc nell'estate del 1996, ma la sua prima partita la gioca nella stagione seguente, 1997-1998. Nel suo primo anno in Gambrinus Liga colleziona 11 presenze e 2 gol, un bel risultato per un difensore.
Nella stagione successiva diventa titolare e nelle stagioni 1998-1999 e 1999-2000 salta solo 3 partite. A metà del campionato successivo arriva però un’offerta dalla Germania, che né Tomáš né il Sigma possono rifiutare.
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