L’avventura di Tomáš nella nazionale ceca comincia nell'agosto del 1997, quando riceve la sua prima chiamata in under 21 con il conseguente esordio contro Israele. Nell'estate del 2000 il campionato europeo under 21 è in Slovacchia e la Repubblica Ceca vi accede pareggiando con la Spagna e vincendo con la Croazia e l'Olanda. In finale c'è l'Italia, la partita è molto dura e l'under 21 italiana vince per 2-1 soprattutto grazie alla superba prestazione di Andrea Pirlo, che segna entrambi i gol. Tra gli azzurrini ci sono molti grandi talenti, tra cui Abbiati, Gattuso, Zanetti, Ventola e molti altri. Ma la squadra ceca non è da meno: ci sono Baroš, Jankulovsky e il compagno di Tomáš nel Sigma, Marek Heinz. Grazie al secondo posto, la squadra si candida a diventare una delle protagoniste alle olimpiadi di Sydney, ma sfortunatamente non riesce ad accedervi.
È agli inizi del 2001 che il giocatore compie un altro passo molto importante: debutta nella nazionale maggiore contro la Macedonia. Il match finisce 1-1, la squadra di casa va in vantaggio con Hristov e i cechi pareggiano con Kuka. Sfortunatamente presto arriva la sconfitta per la qualificazione al mondiale 2002 nei play-off contro il Belgio. L'anno successivo la nazionale gioca a Praga contro la Jugoslavia, la partita finisce 5-0 per i padroni di casa con doppietta di Tomáš.
Il difensore viene convocato in nazionale per gli Europei in Portogallo del 2004 e anche qui mostra la sua grande tecnica e il fatto di essere uno dei giocatori più importanti della squadra. La Repubblica Ceca raggiungere le semifinali, dove però viene sconfitta dalla Grecia, che poi vincerà l’Europeo. Il 3 posto è comunque un grande successo sia per Tomáš che per la nazionale.
Nel 2006 la nazionale partecipa ai mondiali di Germania, e Ujfaluši fa ovviamente parte dell’11 titolare. Già essere nella fase finale del torneo è un grande successo per la Repubblica ceca. La prima partita contro gli Stati Uniti viene comodamente vinta per 3-0, ma dopo aver perso con il Ghana (gara in cui tra l’altro Ujfaluši ha ricevuto il cartellino rosso) il passaggio alla fase successiva è fortemente compromesso. Nella partita successiva contro l'Italia Tomáš è quindi squalificato e la sconfitta determina la fine dell’avventura mondiale per la Repubblica Ceca.
L’ultimo grande torneo con la propria nazionale è l’Europeo 2008 in Austria e Svizzera, vinto poi dalla Spagna. Come era già successo al mondiale due anni prima, anche in questo caso la Repubblica Ceca non riesce ad andare oltre il girone, dove ottiene una sola vittoria su tre gare.
Tomáš dice ufficialmente addio alla nazionale da capitano, con un comunicato l’8 aprile del 2009, in seguito alla sconfitta nella gara valida per la qualificazione ai Mondiali sudafricani del 2010 contro la Slovacchia. La decisione viene presa per protestare contro il modo in cui il calcio viene gestito in Repubblica Ceca sia dalla federazione che dalla stampa nazionale, in cerca di un colpevole su cui riversare la colpa ed in artefice di fantomatico processo ad alcuni giocatori, tra cui lo stesso Ujfaluši, il quale tra l’altro non aveva nemmeno giocato la partita incriminata perché squalificato. Così oltre al danno la beffa: non solo la Repubblica Ceca non parteciperà ai prossimi Mondiali, ma da ormai un anno deve fare a meno di uno dei suoi giocatori migliori, e i risultati sono sotto gli occhi di tutti.
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